上海南匯中學前身為縣立“南匯女子初級中學”，創辦于1927年。1946年更名為“南匯縣簡易女子師范學校”，1954年定名為“南匯縣中學”，1962年定為南匯縣重點中學，2000年更名為“上海南匯中學”。 2003年中共上海市委、市政府決定再建四所寄宿制高級中學，在中共原南匯區委、區政府的關心下，由市、區政府共同出資建設新校區（位于惠南鎮學海路288號），并于2004年整體搬遷至新校區。2007年，學校被評為“上海市實驗性示范性高中”。

學校先進的教育理念，雄厚的師資力量，科學的管理方法，現代的辦學條件，開放的辦學風格，優良的辦學質量，贏得了社會各界和同行的贊譽。